Beteiligung an der Gründung der Bekenntniskirche
Bonhoeffer spielte eine Schlüsselrolle bei der Einrichtung eines Gegenkreises, der als Geständniskirche bekannt ist, obwohl er die Tatsache kritisierte, dass sie in ihren Erklärungen gegen den „arischen Absatz“ und Hitlers Anstrengung bis zur Gesamtmacht keine entschlossenere Haltung eingenommen hatte. Seiner Ansicht nach war es eine gefährliche Illusion, dass die Kirche ihre Unabhängigkeit innerhalb eines totalitären Systems aufrechterhalten könnte. Als er forderte, dass alle regimekritischen Priester in den Streik kommen sollten, wurde er auch in der schützenden Kirche aus dem Weg. Um etwas Entfernung zu erhalten, wurde er zum Pastor zweier Kirchen in London. Während seiner Zeit erhielt er eine Anfrage der geständigen Kirche, nach Deutschland zurückzukehren und den Leiter eines Seminars für Prediger zu übernehmen. Solche Seminare sollten zukünftige Priester auf ihre Pflichten vorbereiten. Sie galten als „Machtzentren“ einer Gegenkirche. Bonhoeffer übernahm diese Rolle. Seine Lehren beinhalteten eine Mischung aus spiritueller Bildung, theologischem Wissen und politischer Erleuchtung.
Schnelle Rückkehr aus New York
Allmählich zogen weitere Gesetze und Dekrete den Teppich unter den Seminaren aus, mit dem ultimativen Ergebnis, dass sie nur den Untergrund überleben konnten. Bonhoeffer erregte selbst zunehmend die Aufmerksamkeit des Gestapo. Er wurde verboten, in der Öffentlichkeit zu lehren oder Reden zu heben. Aus Angst, er würde bald verhaftet werden, drängten ihn seine Freunde, in die USA zu ziehen. Bonhoeffer tat dies, aber widerwillig. Nach nur wenigen Wochen kehrte er im Juli 1939 von New York nach Nazi -Deutschland zurück. Er hatte das Gefühl, dass er kein Recht haben würde, an der Wiederaufbau Deutschlands teilzunehmen, wenn er die Notlage des Volkes in Deutschland nicht teilte.
Er erfuhr von den Plänen, Hitler aus seinem Schwager Hans von Dahnanyi zu ermorden, und schloss sich der Widerstandsgruppe an, die von Generalmajor Hans Oster geleitet wurde. Er sollte seine Kontakte im Ausland nutzen, um festzustellen, wie Politiker – insbesondere in England – reagieren würden, wenn Hitler verdrängt und das Regime erfolgreich gestürzt wurde. Während dieser Zeit lernte Bonhoeffer die 18-jährige Maria von Wedemeyer kennen. Das Paar wurde heimlich verlobt. Am 5. April 1943 wurde Bonhoeffer jedoch verhaftet und ins Gefängnis im Bezirk Tegel in Berlin gebracht. Da es kaum Beweise gegen ihn gab, hoffte es, dass er wieder freigelassen werden könnte. Nach dem fehlgeschlagenen Attentat gegen Hitler durch die Gruppe von Claus Schenk Graf von Stauffenberg wurde seine Beteiligung an den Plänen zum Sturz des Regimes aufgedeckt.